Le clocher est l'ouvrage destiné à recevoir les cloches. De pierre, tout en hauteur, il se prolonge par une toiture. Autrefois, le fer blanc, production typiquement locale, recouvrait la plupart des clochers. Mais, il a été peu à peu remplacé par d'autres matériaux notamment les tuiles vernissées polychromes dans les plaines ou les tavaillons dans les montagnes (Haut-Doubs, Jura). Il est couronné du piédouche ou lanternon, puis vient le globe qui représente la sphère céleste, la croix qui rappelle la passion du Christ et le coq, symbole du reniement de Saint-Pierre qui sert généralement de girouette.
 

Les Origines du clocher à dôme à l'impériale, symbole de la Franche-Comté se trouvent à Florence (XIVe et XVe siècle). Cependant, l'histoire du clocher comtois est étroitement liée à l'Histoire de la région du XVe au XVIIe siècle. A la fin du XVIIe siècle, la Comté est ravagée suite à la guerre de dix ans. La lutte contre le protestantisme envahit la Franche-Comté (influence de la Suisse et du comté de Montbéliard). La reconquête catholique s'impose, profitant de l'ordonnance de Colbert de 1669 les archevêques de Besançon encouragèrent expressément les curés à redonner aux édifices catholiques la décence disparue (églises non entretenues, voire saccagées). C'est ainsi qu'au siècle suivant, les communes rivalisèrent pour restaurer leurs églises, les agrandir et le plus souvent encore pour en construire de nouvelles. De cette époque, datent en effet la plus grande partie de nos églises.
 

Le clocher comtois ne peut échapper au regard du promeneur en Franche-Comté. Tuiles vernissées ou tavaillons magnifient le dôme à l'impériale de l'architecture religieuse qu'est l'Église. En effet, 665 clochers de ce type sont répertoriés sur le territoire franc-comtois, dont 257 dans le Doubs, 277 en Haute-Saône, 124 dans le Jura et 7 dans le Territoire de Belfort. Soit 40% des communes mais toutes les communes ne disposent pas d'édifice religieux et d'autres sont dotées de temples, ce qui porte sa présence réelle à plus de la moitié.